http://know.soom.la/cocos2dx/store/store_gettingstarted/に説明が書いてあるが、cocos2d-x v3.*系の対応に伴いv2.*系はブランチが別になったようなので、git-hubのドキュメントを参照した。

https://github.com/soomla/cocos2dx-store/tree/cocos2dx-v2

ブランチ切り替えは、「extensions/soomla-cocos2dx-core」と「extensions/cocos2dx-store」それぞれで「 git checkout cocos2dx-v2 」

また、cocos2d-x v2.2.6だと、cocos2d-xが64bit対応しているので、各ファイル「Cocos2dXCore.xcodeproj」と「Cocos2dXStore.xcodeproj」の「Build Settings」-> 「Valid Architectures」を見直す。
ちなみに、自分の環境では、こんな感じ。

soomla-core

soomla-store

もし、link時に「Linker error “_OBJC_CLASS_$****”, referenced from: …」とか出てきた場合は、objectファイルに該当architectureの物が含まれていない可能性があるので、「Build Active Architecture Only」を「No」に設定すると恐らく通るはず。